O Observatório se organiza por meio de um Conselho Diretor formado pela presidência, pelos coordenadores de Grupos de Trabalho e pela Secretaria Executiva. O Conselho é responsável pela condução dos trabalhos gerais do Observatório, realização de eventos, publicação de trabalhos e divulgação de seus resultados.
Os Grupos de Trabalho do ORMM são sua base operacional, especialmente na prospecção e indicação das áreas prioritárias a serem estudadas e na condução dos estudos e elaboração de relatórios. São também o principal instrumento de integração e coordenação interinstitucional, uma vez que os GTs agregam pesquisadores de diferentes instituições.
A comunicação do ORMM é liderada pelo seu comitê editorial, que apoia a divulgação dos resultados gerados pelos GTs, seja por meio de eventos para públicos específicos ou de publicações técnicas.
O ORMM é composto pelos seguintes Grupos de Trabalho:
i. Recursos Hídricos
ii. Mudanças Climáticas e Monitoramento de Gestão de Riscos
iii. Transparência e informações
iv. Metropolização e Dinâmicas Espaciais
v. Ordenamento do Espaço Turístico
vi. Mobilidade
vii. Unidades de conservação